第二次世界大戰後，日本因為戰敗而必須將忍者組織廢除，然而仍有為數20萬的忍者隱藏在現代日本社會的各個角落，執行各種暗殺或秘密任務。

這些忍者使用的忍術並非超能力或魔法，而是光學迷彩服和電擊棒等科技製品。部分「精銳」忍者，在國家級的對抗中負責執行秘密任務，相當活躍。

另一方面，下級忍者卻是經常拿不到工作，其中之一的雲隱九郎也一樣，過著宛如尼特族般的生活。他在歷經長期失業後，接下滲透進講談高中的任務………