在煙囪小鎮被星空包圍的那奇蹟之夜後，過了一年。失去摯友．普佩的少年．魯必奇，他一直相信彼此會再相遇，但魯必奇最後還是放棄這個希望向前邁進。某日，魯必奇迷失在支配時間的神祕異世界「千年要塞」。在這個世界，無法再動的時鐘就會被處理掉，但有個不可思議的鐘樓，雖然沒壞掉，但它的時間卻一直停留在11點59分。魯必奇為了回到原本的世界，它必須讓這座鐘樓的時間再次動起來……